Često se nautički turizam promatra kroz brojke kao mjerilo uspješnosti, no često se zaboravlja na dugoročni negativni efekt nautičkog turizma, odnosno porast onečišćenja okoliša. Pod tim se podrazumijevaju onečišćenja vode i zraka, uništavanje staništa zaštićenih vrsta te neprikladno zbrinjavanje otpada. Sjećamo se nedavne situacije u dvama splitskim lučicama, kada je utvrđeno kako se ispuštaju otpadne vode u more nastale pranjem brodova bez vodopravne dozvole.
Pravila su jasna, na što nas podsjećaju iz Upravnog odjela za turizam, pomorstvo i promet Splitsko-dalmatinske županije: ... u lukama posebne namjene ne smije se brusiti podvodni dio plovila ukoliko nije osigurana adekvatna separacija i taloženje čestica koje nastaju brušenjem, odnosno ispiranjem...